聚丙烯酰胺可以去除水中無機物。用PAM固定反硝化菌可用于去除飲用水中的硝酸鹽。在進水中無磷情況下，硝酸鹽快速轉化為亞硝酸鹽，但反硝化過程并不理想。在進水中加入磷酸鹽后，反硝化效果非常顯著，出水中硝酸鹽與亞硝酸鹽均低于0.5mg/L,總氮去除率為95%~100%。試驗證明，利用聚丙烯酰胺接種反硝化菌，對于去除飲用水中硝酸鹽效果很好。

      聚丙烯酰胺還可以去除水中重金屬離子，如纖維素接枝PAM對汞有很好的選擇吸附性。

      絮凝劑的不安全性和對環(huán)境的二次污染已越來越受到人們的重視。其不安全性主要來自：(1)藥劑本身的毒性；(2)商品藥劑中雜質的毒性；(3)在水處理過程中藥劑的化學反應產物的毒性。無機混凝劑的毒性一般屬于商品藥劑中雜質。但是鋁鹽對人體、水生生物和植物表現(xiàn)出毒性，能引起人的鋁性腦病和骨病等鋁中毒病癥。因此對鋁鹽混凝劑在水中殘留鋁含量有嚴格的限制，世界衛(wèi)生組織為0.2mg/L,美國為0.05mg/L。我國與世界衛(wèi)生組織的相同，也為0.2mg/L。鐵鹽混凝劑的限制主要針對其所含的重金屬含量。

      聚丙烯酰胺及其水解物其中殘留的單體丙烯酰胺是毒性物質，用于水處理時對其在水中的殘留量有更嚴格的限制。